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  數學與系統科學研究院是中國科學院的一個博士生重點培養基地。所屬的四個研究所是我國最早被批准具有碩士、博士學位授予權的單位之一。 

  數學與系統科學研究院擁有6個一級學科培養點:數學、系統科學、統計學、計算機科學、管理科學與工程、應用經濟學。每年碩士研究生的招生規模120人左右,博士研究生(含直博生)招生總計110余人。主要招生方向有基礎數學、計算數學、概率論與數理統計、應用數學、運籌學與控制論、系統理論、系統分析與集成、統計學、計算機軟件與理論、計算機應用技術、管理科學與工程、管理運籌學、經濟計算與模擬、數量經濟學、企業管理、應用統計等。  

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